Als Anfang des 18. Jahrhunderts die alte Eibauer Kirche infolge der Auswirkungen der Reformation zu klein geworden war, beschloss im September des Jahres 1702 der Zittauer Rat den Bau einer neuen Kirche.
Am 19. Juni 1703 erfolgte die Grundsteinlegung für den Kirchenneubau. Knapp zwei Jahre später konnten am 13. Februar 1705 die Maurerarbeiten abgeschlossen werden.
Am 27. September 1707 wurde der erste Gottesdienst in der neuen Kirche gefeiert. Der Bau hatte ungerechnet der Geschenke, Fuhren und Handdienste 6.691 Taler, 16 Groschen und 11 Pfennige gekostet.
Die Weihe der Orgel erfolgte am 12, Februar 1708. Den Knopf erhielt der Kirchturm am 23. Juli 1710. Die Inbetriebnahme des Uhrwerkes erfolgte am 18. Juni des Jahres 1711. Gebaut hatte es Christoph Maß aus Seifhennersdorf.
Die heutige Orgel stammt von Orgelbaumeister Hermann Eule aus Bautzen. Sie wurde am 28. September 1889 übergeben und konnte 2006 rekonstruiert werden.
Die Eibauer Kirche war eines der ersten Gotteshäuser mit elektrischer Beleuchtung. 1893 wurde die Beleuchtungsanlage der Kirche an die Kraftanlage der Brauerei (damals Th. Krampf Eibau) angeschlossen.
Zu den umfangreichen Baumaßnahmen der 1990er Jahre gehört dei Sanierung des Ringankers auf dem Kirchboden. Es gelang die Dachkostruktion zu sichern und ein weiteres Auseinanderdriften der Außenmauern zu stoppen. In einer zweiten Bauetappe wurde die Kirchturmsanierung in Angriff genommen und die Holzbalkenkostruktion sowie der Glockenstuhl saniert.
1997 erfolgte die Erneuerung des Uhrenaufzuges und Arbeiten an der Elektroanlage. 2001 wurde der Innenputz im unteren Bereich des Kirchenschiffes erneuert und Fußbodenplatten unter den Emporen verlegt.